虽然小儿癫痫的病因十分复杂，但随着医学科技的快速发展，大部分病因已被人们明确认识，总体来讲从病因学上可将癫痫分作两大类:
一类是没有明确病因的癫痫，这一类癫痫占癫痫患者总数20%，大多与遗传有关，因此也称作隐源性癫痫或遗传性癫痫。
另一类是可查出明确病因的癫痫，最常见的病因包括：
①先天脑发育畸形，如无脑回畸形，巨脑回畸形，多小脑回畸形，灰质异位症，脑穿通畸形，先天性脑积水，肼胝体发育不全，蛛网膜囊肿，头小畸形，巨脑症等；
②神经皮肤综合症：最常见的有结节性硬化，神经纤维瘤病和脑三叉血管瘤病等；
③遗传代谢病，如苯丙酮尿症，高氨血症，脑脂质沉积症，维生素B6依赖症等；
④围产期脑损伤，主要是产伤、窒息、颅内出血、缺氧、缺血性脑病，中其以缺氧缺血性脑病而致癫痫者最常见；
⑤颅内感染：如细菌性脑膜炎、病毒性脑炎、脑脓肿、霉菌性脑膜炎、脑寄生虫病、接种后脑炎、传染后脑炎等；
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